هجرت مسلمانان به حبشه
با افزایش شمار مسلمانان، دشمنی و مخالفت قریش با محمد (ص) بیشتر شد. محمد (ص) در حمایت ابوطالب بود و قریشیان بر اساس پیمان قبیله‌ای نمی‌توانستند به او آسیب جانی برسانند. اما نسبت به پیروان او خصوصا کسانی که پشتیبانی نداشتند، از هیچ سخت‌گیری و آزاری دریغ نکردند. پیامبر، ناچار به این مسلمانان دستور داد به حبشه هجرت کنند و به آنها گفت: «در آن سرزمین پادشاهی است که کسی از او ستم نمی‌بیند، به آنجا بروید و بمانید تا خداوند شما را از این مصیبت برهاند.» وقتی قریش از هجرت مسلمانان به حبشه آگاه شدند، عمرو بن عاص و عبدالله بن ابی ربیعه را نزد نجاشی پادشاه حبشه فرستادند تا آنان را بازگردانند. نجاشی پس از شنیدن سخنان نمایندگان قریش و پاسخ‌های مسلمانان، از سپردن آنان به نمایندگان قریش امتناع کرد و نمایندگان قریش به مکه بازگشتند.
هجرت به مدینه
در سال یازدهم بعثت یک گروه شش نفره از مردم یثرب به مکه آمدند و پس از شنیدن سخنان رسول خدا(ص) مسلمان شدند. آن حضرت اساس دعوت اسلام را برایشان عرضه کرد و آیاتی از قرآن تلاوت نمود.آن‌ها پیش از آن خبر ظهور پیامبری را از یهودیان شنیده بودند، وی را همان دانسته و دعوتش را پذیرفتند و اظهار امیدواری کردند که با پذیرفتن دعوت رسول خدا (ص) با یکدیگر متحد شوند.
با انتشار خبر اسلام در یثرب، علاوه بر کسانی که در مکه، اسلام را پذیرفته بودند، چندی دیگر از مردم یثرب نیز اسلام را پذیرا شدند. در موسم حج سال دوازدهم بعثت، تعداد دوازده نفر از اهالی یثرب، در عقبه با رسول خدا دیدار کردند. آن‌ها در این دیدار با رسول خدا(ص) بیعت کردند.
در موسم حج سال سیزدهم بعثت، تعداد هفتاد مرد و دو زن در عقبه با پیامبر (ص) بعیت کردند. در این جا بود که انصار از رسول خدا (ص) خواستند تا به همراه آنها به یثرب بیاید. در این دیدار حضرت محمد (ص) به انصار گفت: «به این امر با شما بیعت می‌کنم که همان گونه که از زنان و فرزندان خود حفاظت می‌کنید، از من نیز حفاظت کنید».
 پس از آن رسول خدا(ص) به مسلمانانى كه در مكه تحت شكنجه و آزار بودند دستور مهاجرت به مدينه و پيوستن به مسلمانان آن سرزمين را داد. به دنبال اين دستور مسلمانان مكه دسته دسته به‌سوى مدينه مهاجرت كردند و خود آن حضرت چشم به راه فرمان خداى تعالى در مكه ماند.
 پس از آنکه مشرکان مکه، برای قتل رسول خدا (ص) نقشه کشیدند، جبرئیل خبر این توطئه را به ایشان داد. رسول خدا (ص) به حضرت علی (ع) گفت تا به جای او بخوابد. پس از آن رسول خدا(ص) با عنایت خداوند از خانه خارج شده و به جنوب شهر مکه یعنی مسیری کاملاً برعکس مسیر یثرب رفت. هنگامی که صبح شد، و مشرکان برای اجرای نقشه خود آماده شدند، حضرت علی (ع) از جای خود برخاست و مشرکان فهمیدند که رسول خدا (ص) از دسترس آنان خارج شده است، به تکاپو افتاده و به دنبال ایشان گشتند، و توسط یک راهنما تا پای کوه ثور که رسول خدا (ص) به همراه ابوبکر در آنجا پنهان شده بودند، آمدند، و مشاهده تارهای عنکبوبت بر در غار به داخل غار نرفتند.
سپس رسول خدا (ص) فاصله مکه تا مدینه را از راهی غیر معمول طی کردند و پس از پانزده روز وارد دهکده قبا در فاصله شش کیلومتری مدینه شدند. رسول خدا (ص) در قبا منتظر رسیدن یار و پسر عم خود حضرت علی (ع) شدند که بعد از هجرت رسول خدا (ص) به همراه کاروانی که شامل زنان و دختران پیامبر (ص) و بنی‌هاشم می شد، از جمله حضرت زهرا (س) و فاطمه بنت اسد و سایر کسانی که هنوز موفق به هجرت نشده بودند، به سمت مدینه در حرکت بود. امام علی (ع) در مکه وظیفه پس دادن امانت هایی که مردم مکه نزد پیامبر (ص) داشتند، را داشت و پس از انجام این کار راهی مدینه شد. پیامبر (ص) در این مدت که در قبا بودند، اقدام به ساختن مسجد قبا کردند و پس از رسیدن کاروان حضرت علی (عع)، به همراه ایشان راهی مدینه شدند.