پیکر‌های مطهر شهدای کربلا، سه روز بر روی زمین ماند تا این که در پایان روز دوازدهم (شب سیزدهم) محرم، زنان قبیله بنی اسد (نام تیره‏ای از قبایل عرب، از فرزندان اسد بن خزیمه بن مدرکه) که در غاضریه در نزدیکی کربلا چادر زده و سکونت داشتند و از کشته شدن امام حسین (ع) و یارانش به دست سپاه حکومتی امویان مطلع گردیده بودند، ضمن گذر بر میدان جنگ و دیدن اجساد شهداء، تحت تأثیر قرار گرفته، مردان خود را خبر و مورد شماتت قرار داده و آنان را به انجام دفن این عزیزان ترغیب نمودند.
بهرحال گروهی از مردان قبیله بنی اسد برای خاکسپاری شهدا، وارد زمین کربلا شدند، ولی چون بدن‌ها پاره پاره بود، آنها را نمی‌شناختند و در حالت تحیر و تردید قرار گرفتند که در این هنگام حضرت امام سجاد (ع)، به صورت ناشناس و از راه اعجاز، از کوفه و زندان ابن زیاد به کربلا آمد و ضمن حضور در جمع آنان، پیکر‌های مطهر شهدا را معرفی و با کمک بنی اسد دفن کردند.
امام علی ابن الحسین (ع) پس از معرفی و اقامه نماز بر پیکر نورانی شهدا، به گودال قتلگاه رفت، با پیکر پاک پدر (ع) معانقه فرمود، صورت به رگ‌های بریده اش نهاد و گریه‌های زیادی کرد. بر بدن مطهرش نماز گذارد، آنگاه چند قدم عقب تر، کمی از خاک‌ها را با دست خود کنار زد، قبر و لحدی حاضر و آماده و صندوقی شکافته نمایان شد، حضرت (ع) دستان خود را زیر پیکر پدر شهیدش حضرت سیدالشهداء (ع) گشود و فرمود: «بسم الله و بالله و على ملّة رسول الله، صدق الله و رسوله، ماشاء و لا حول و لا قوة إلاّ بالله العظیم». سپس به تنهایی و بی آنکه بنی اسد در این کار همراهی اش کنند، پیکر مطهر را وارد قبر کرد و به آنان فرمود: «همراه من کسی هست که یاری می‌کند.» آن گاه پیکر پاک امام حسین (ع) را در قبر نهاد، سپس صورت بر آن رگ‌های بریده گذاشت و فرمود: «خوشا سرزمینی که پیکر پاک تو را در بر گرفت! دنیا پس از تو تاریک است و آخرت با فروغ جمالت روشن است. اما شبِ بیداری و غم است و اندوهگین همیشگی، تا آنکه خداوند برای خاندان تو سرای آخرت را برگزیند که تو در آنی. سلام و رحمت و برکات الهی بر تو باد از من،‌ای فرزند رسول خدا» و بعد از هموار کردن قبر شریف، بر روی آن نوشت: «هذا قبر الحسین بن علی بن ابی طالب الّذی قتلوه عطشاناً غریباً»؛ این قبر حسین بن علی بن ابی طالب است که او را با لب تشنه و غریبانه شهید کردند. "
آن گاه به طرف پیکر مطهر عمویش؛ حضرت قمر بنی هاشم، عباس بن علی (ع) در نزدیکی نهر علقمه و شریعه فرات (در راه غاضریّه، همان محلی که به شهادت رسید و اکنون قبر مقدس اوست.) رفت و او را در همان حال دید که فرشتگان آسمان‌ها را دهشت زده و حوریان بهشتی را گریان ساخته بود. خود را روی بدن مقدس او انداخت و رگ‌های بریده‌اش را می‌بوسید و می‌فرمود: " پس از تو خاک بر سر دنیا!‌ای قمر بنی‌هاشم! از من سلام بر تو باد،‌ای شهید خدایی! رحمت و برکات الهی بر تو باد! " برای او نیز، قبری گشود و به تنهایی، آن بزرگوار را نیز وارد قبر کرد، همان گونه که برای پدرش کرد و به بنی اسد فرمود: با من کسانی اند که یاری ام می‌کنند.
برای بنی اسد مجالی گذاشت تا در دفن شهدای دیگر مشارکت کنند، دو جا برای آنان تعیین کرد و فرمود: دو گودال حفر نمایند، در اوّلی شهدای بنی هاشم و در دیگری اصحاب را قرار دادند.
حضرت علی اکبر (ع) را نیز پایین پای حضرت امام حسین (ع) به خاک سپردند، بنابراین نزدیک‌ترین شهیدان به حضرت امام حسین (ع)، فرزندش علی اکبر (ع) در پایین پای آن بزرگوار است.
همین طور بقیه شهدای کربلا را پائین پای حضرت امام حسین (ع) دفن نمودند. اما پیکر پاک حر بن یزید ریاحی را (به درخواست مادرش) به قبیله‌اش، جایی که هم اینک قبر اوست، بردند.
ابن شهر آشوب و مسعودی می‌گویند: برای بسیاری از آن‌ها قبر‌های آماده یافتند و مرغان سفیدی بر گرد آنان دیدند.